Zalety internetu czynią z niego bardzo popularne medium przesyłania informacji. Praktycznie każda firma korzysta z sieci i posiada własne wirtualne serwery . Z drugiej strony sieć pełna jest niebezpieczeństw takich jak dostęp nieupoważnionych użytkowników, manipulowanie danymi czy podsłuchiwanie. Aby zabezpieczyć przesyłane za pomocą EDI informację należy je w jakiś sposób ukryć. Można to zrobić na dwa odmienne sposoby: kryptograficzny oraz steganograficzny. Warianty te różnią się głównie tym, że w sposobie kryptograficznym przetworzone dane tworzą informację której zwykli ludzie nie potrafią odczytać. W sposobie steganograficznym dane przesyłane są w taki sposób aby postronne osoby nie miały możliwości zobaczenia jakichkolwiek informacji, nawet tych zaszyfrowanych.

Systemy EDI pozwalają na wymianę danych między komputerami np. dwóch firm – partnerów biznesowych. Dokumenty te są przekazywane w postaci elektronicznej przy użyciu powszechnie stosowanych i akceptowanych standardów. Wraz z rozwojem sieci internetowej rozwinęły się specyficzne systemy EDI wykorzystujące protokoły internetowe. Systemy te są zwane Web EDI. Mają one wiele zalet, które powodują rosnąca popularność tychże systemów. Przede wszystkim wskazuje się na oszczędność kosztów obsługi systemów Web EDI. W przeciwieństwie do bardziej tradycyjnych systemów elektronicznej wymiany dokumentów oprogramowanie Web EDI instalowane jest w jednej firmie i służy jako centrala obsługi wszelkich dokumentów elektronicznych wysyłanych między partnerami biznesowymi tejże firmy. W tradycyjnym systemie EDI każda firma jako partner biznesowy obsługujący elektroniczne dokumenty (np. faktury elektroniczne) musiałby posiadać w swojej siedzibie zainstalowane oprogramowanie EDI. Jest to oczywiście polecane rozwiązanie, jednak wymaga od każdej firmy poniesienia kosztów instalacji i integracji tego systemu. A więc jest to rozwiązanie dla większych firm i przedsiębiorstw, dla których zakup i wdrożenie EDI obsługujące obieg dokumentów nie jest dużym wydatkiem w stosunku do wysokości przychodów firmy.